भारत में खालिस्तानी अलगाववाद से संबंधित मुद्दों पर कनाडा के रुख ने विवाद को जन्म दिया है।
स्टैंटन ने कहा, "हम [कनाडा] कनाडाई लोगों को अपना विचार व्यक्त करने की अनुमति देते हैं कि देश का एक हिस्सा शांतिपूर्ण और अहिंसक रूप से अलग हो सकता है, चाहे जनमत संग्रह के माध्यम से या उस पर पैसा खर्च करके और कोई भी जेल नहीं जाएगा", स्टैंटन ने कहा।
स्टैंटन के मुताबिक इस तरह की राय रखना एक कानूनी अधिकार है और कनाडा में इसे चरमपंथ या आतंकवाद करार नहीं दिया जा सकता, बल्कि यह अभिव्यक्ति की स्वतंत्रता है।
उन्होंने कहा, "किसी अन्य देश (भारत) में किसी विशिष्ट क्षेत्र को अलग करने की वकालत करना, क्यूबेक में किसी व्यक्ति द्वारा यह कहने से भिन्न नहीं है कि उन्हें कनाडा से अलग हो जाना चाहिए और किसी भी कारण से अब यहां नहीं रहना चाहिए।"
स्टैंटन ने यह भी कहा कि जब तक ये गतिविधियां नफरत को बढ़ावा नहीं देती हैं या आतंकवाद का समर्थन नहीं करती हैं, और शांतिपूर्ण रहती हैं, तब तक उन्हें घरेलू या विदेशी हस्तक्षेप से 'सरकार द्वारा संरक्षित' रखा जाएगा।
भारत ने कनाडा को बढ़ते खालिस्तानी खतरों और ऐतिहासिक आतंकवादी गतिविधियों के बारे में चेताया
हाल ही में दिल्ली में आयोजित G-20 शिखर सम्मेलन के दौरान प्रधानमंत्री नरेन्द्र मोदी ने कनाडा के प्रधानमंत्री जस्टिन ट्रूडो के समक्ष कनाडा में खालिस्तानियों की चल रही भारत विरोधी गतिविधियों के संबंध में भारत की गंभीर चिंता व्यक्त की।
ट्रूडो ने खालिस्तानियों का बचाव करते हुए कहा कि हिंसा के प्रतीक मौजूद होने के बावजूद कनाडा शांतिपूर्ण विरोध का समर्थन करता है। उन्होंने सिख समुदाय की विविधता को स्वीकार किया, लेकिन चरमपंथियों के खिलाफ कार्रवाई करने की प्रतिबद्धता नहीं जताई।
1982 में भारत ने पुलिस अधिकारियों की हत्या में कथित संलिप्तता के लिए खालिस्तानी आतंकवादी तलविंदर परमार को प्रत्यर्पित करने के लिए कनाडा से अनुरोध किया था। तत्कालीन पियरे ट्रूडो सरकार ने कनाडा के कानूनी कारणों का हवाला देते हुए प्रत्यर्पण अनुरोध को अस्वीकार कर दिया।
तलविंदर परमार ने बाद में 1985 में एयर इंडिया की उड़ान कनिष्क में बम विस्फोट की साजिश रची, जिसके परिणामस्वरूप सभी 329 यात्री और चालक दल के सदस्य मारे गए।
भारतीय विदेश मंत्री जयशंकर ने आगाह किया कि ड्रग सिंडिकेट से जुड़ी बढ़ती खालिस्तानी गतिविधियां कनाडा के लिए भी चिंता का विषय है।