माना जाता है कि फ्रांज जोसेफ लैंड की खोज 19वीं शताब्दी के उत्तरार्ध में हुई थी। हालांकि 1763 में ही रूसी प्रसिद्ध वैज्ञानिक मिखाइल लोमोनोसोव ने अपनी एक पुस्तक "उत्तरी समुद्रों में विभिन्न यात्राओं का संक्षिप्त विवरण" में लिखा कि स्वालबार्ड द्वीप समूह के पूर्व में अज्ञात द्वीप हो सकते हैं।
फ्रांज जोसेफ लैंड की पहली रिपोर्ट की गई खोज 1873 के ऑस्ट्रो-हंगेरियन उत्तरी ध्रुव अभियान में जूलियस वॉन पेयर और कार्ल वेप्रेच के नेतृत्व में थी, जिन्होंने सम्राट फ्रांज जोसेफ प्रथम के नाम पर इस क्षेत्र का नाम रखा था ।
1926 में सोवियत संघ ने इस द्वीपसमूह को अपना क्षेत्र घोषित किया।
1994 से फ्रांज जोसेफ लैंड रूस एक प्रकृति अभयारण्य रहे हैं और 2012 में रूसी आर्कटिक नामक एक राष्ट्रीय पार्क का हिस्सा बन गया।
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